新单细胞 DNA 甲基化测序技术可应用于不同物种

来源: 中国科学报 / 作者: 2019-02-12
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华中农业大学玉米研究团队开发了一种能广泛应用于不同物种组织、不依赖于 DNA 甲基化状态的单细胞 DNA 甲基化测序技术。近日,国际知名学术期刊 Molecular Plant 在线发表了相关研究成果。

相对于传统的单细胞重亚硫酸盐测序技术(scBS-seq)的扩增策略,即直接将第一步扩增的小片段加上接头用于测序,新方法 BRIF-seq 的不同之处在于,将随机扩增产生的小片段进行了单链连接、MDA 扩增及基于 Tn5 的建库步骤,从而保证了各种长度的转化片段都能进入文库用于测序。同时,通过快速剪切读段,使不同来源的连接片段都能比对回基因组,达到数据最大化利用的目的。

结果证明,利用 scBRIF-seq 产生的读段比 scBS-seq 有更高的比对率和基因组覆盖度。研究者鉴定出玉米的四分体之间存在明显的 DNA 甲基化水平差异,而同一个四分体的四个小孢子间却没有显著的甲基化水平差异。细胞间的异质性位点也被鉴定出来。这些结果说明玉米的雄配子体发育过程中存在剧烈的甲基化重编程和巨大的细胞异质性。(李响 李金山)

相关论文信息:DOI:10.1016/j.molp.2019.01.004

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