我们发了 8 篇单细胞高分,终于总结出这点!

来源: 生物360 / 作者: 2020-08-20
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单细胞测序技术能够帮助我们了解到细胞间细微的遗传信息差异,那么,到底是单个细胞的信息准确重要,还是获得更多的单细胞信息重要?研究证实,如果能 一次性获得更多的单细胞信息,就相当于提高生物遗传图像的像素 ,为我们呈现出更清晰生物全景图谱,从宏观到细微处,实现对生物遗传信息全局把握。

现如今,随着技术的发展,高通量单细胞分选和建库一体技术,以及高通量测序技术 ,让我们能够高性价比的快速获得大量细胞遗传信息,一次操作可以获得万个细胞以上的数据。相信不久的将来,单细胞大数据时代将会来临,将更有利于医学基础研究、疾病诊断和靶向精准治疗等。利用高通量单细胞研究技术, 华大已经加速发表了多篇高分文章,以下 8 篇精选文章解读 ,供大家参考。

1、小鼠内皮细胞单细胞图谱绘

发表期刊 Cell(IF:38.637)

文章题目 :Single-Cell Transcriptome Atlas of Murine Endothelial Cells

2020 年 2 月,比利时 Leuven 癌症研究所联合中山大学、深圳华大生命科学研究院的研究团队,通过构建来自 11 个小鼠组织(大脑 / 睾丸、肝脏 / 脾脏、小肠 / 结肠和骨骼肌 / 心脏等)富集后的内皮细胞进行单细胞图谱构建,获得大于 32,000 个单细胞转录组数据,并鉴定了 78 个内皮细胞亚群,包括健康组织中的 Aqp7 + 肠毛细血管和血管内皮细胞。

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图 1 不同组织内皮细胞异质性

2、高通量单细胞 RNA-Seq 揭示 新冠肺炎与流感的免疫特征差异

发表期刊 Immunity(IF:22.5)

文章题目 :Single-Cell Sequencing of Peripheral Mononuclear Cells Reveals Distinct Immune Response Landscapes of COVID-19 and Influenza Patients

2020 年 7 月,由中国疾控中心、深圳华大生命科学研究院、解放军总医院第五医学中心、北京地坛医院、深圳国家基因库等机构科学家联合在Cell 子刊 Immunity 上在线发表有关新冠肺炎与流感免疫细胞特征差异的研究论文,利用高通量单细胞测序对新冠和流感患者的外周血各种免疫细胞类型的响应情况进行了深度解析和比较,系统阐述了新冠和甲流感染免疫特征的异同点。该研究为理解新冠的发病机制、指导临床诊治和疫苗的研发及应用提供了重要的参考。详情点击 >>

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图 2 来源血液免疫细胞的单细胞基因表达谱分析

3、鼻咽癌的肿瘤微环境单细胞图谱 揭示肿瘤细胞的异质性

发表期刊 Cell Research(IF:20.5)

文章题目 :Single-Cell Transcriptomics Reveals Regulators Underlying Immune Cell Diversity and Immune Subtypes Associated with Prognosis in Nasopharyngeal Carcinoma

2020 年 7 月,中山大学肿瘤防治中心、深圳华大生命科学研究院、中山大学生命科学学院与中国科学院深圳先进技术研究院等单位合作完成的最新鼻咽癌研究成果在Cell Research 杂志上在线发表。此次研究获得了 48,584 个单细胞转录组数据,构建了包含肿瘤细胞和免疫细胞在内的全面的鼻咽癌肿瘤微环境图谱。并发现其中 Epi-differ 2- 瘤内异质性特征基因集之一与 BV 感染正相关,可能与 EB 病毒感染鼻咽上皮细胞的进程密切相关,有望成为干预靶点。详情点击 >>

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图 3 鼻咽癌单细胞测序的肿瘤微环境分析

4、肺肿瘤内皮细胞异质性及图谱绘制

发表期刊 Cancer Cell(IF:26.602)

文章题目 :An Integrated Gene Expression Landscape Profiling Approach to Identify Lung Tumor Endothelial Cell Heterogeneity and Angiogenic Candidates

2020 年 1 月,通过对人及小鼠模型及培养的人肺肿瘤内皮细胞(TEC)表型的异质性进行研究,相关成果发表在Cancer Cell,通过高通量单细胞研究策略,对获得的 56,771 内皮细胞进行了测序,可分为 17 种已知和 16 种新型细胞类型,结合多组学数据进行分析,并进行功能分析及验证,并将胶原蛋白修饰确定为候选血管生成途径。

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图 4 人肿瘤内皮细胞和非肿瘤内皮细胞 -ck 单细胞群体鉴定

5、DNBSEQ+10X Genomics 平台 双重助力老年痴呆研究

发表期刊 Nature Neuroscience(IF:21.126)

文章题目 :Repopulated Nicroglia are Solely Derived from the Proliferation of Residual Microglia after Acute Depletion

2018 年 2 月,由 BGISEQ-500+10X Genomics 平台双重助力的有关脑内小胶质细胞再生机制的最新科研成果,在线发布于Nature Neuroscience,全面的阐述了这种细胞再殖的机理。发现了再殖小胶质细胞与原生小胶质细胞在功能生物学上的高度相似性;多维度的紧密实验设计和论述,推翻了前人关于再殖小胶质细胞起源于 Nestin 阳性的前体细胞,并进行了跨谱系分化的结论,并发现再殖小胶质细胞完全起源于神经系统内少量残存的小胶质细胞。

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图 5 大脑残存小胶质细胞和再殖小胶质细胞的差异转录图谱分析以及小胶质细胞的再殖过程几乎不影响大脑的整体转录图谱

6、中枢神经系统小胶质细胞置换的 有效策略

发表期刊 Cell Reports (IF:8.109)

文章题目 :Efficient Strategies for Microglia Replacement in the Central Nervous System

2020 年 8 月 11 日,高通量单细胞转录组测序研究助力三种有效的小胶质细胞替代策略开发: 骨替代小胶质细胞骨髓移植(mrBMT),外周血小胶质细胞替代(mrPB)和小胶质细胞移植(mrMT)。前两种替代方法(mrBMT 和 mrPB)允许小胶质细胞样细胞有效替代整个中枢神经系统中的小胶质细胞;而 mrMT 可以使得小胶质细胞在大脑区域选择性替代,此次研究为治疗小胶质细胞相关的中枢神经系统疾病可能性开辟了一个新思路。

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图 6 mrMT 细胞转录组类似于原始小胶质细胞的特征,表现出小胶质细胞样表型

7、高通量单细胞 RNA-Seq 揭示 鼻咽癌的肿瘤形态和浸润性免疫细胞

发表期刊 Cancer Letters(IF:7.36)

文章题目 :Single Cell RNA-seq Reveals the Landscape of Tumor and Infiltrating Immune Cells in Nasopharyngeal Carcinoma

2020 年 1 月,通过高通量单细胞转录组测序 首次揭示鼻咽癌组织浸润性免疫细胞异质性 ,发现恶性细胞在个体患者中表现出肿瘤内和肿瘤间的异质性,免疫细胞分析揭示了不同免疫细胞的异质组成和不同功能状态的 T 细胞。此外,结合免疫细胞全长单细胞序列数据重建的 T 细胞受体(TCR)序列,确定了不同的 T 细胞克隆型和扩张分布在个体肿瘤。此项研究对周围微环境中免疫细胞清除肿瘤的机制有了更深入的认识,将有助于提高鼻咽癌的靶向和免疫治疗。

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图 7 鼻咽癌的恶性细胞异质性

8、DNBSEQ 平台助力血液单细胞 异质性研究

发表期刊 GigaScience(IF:5.993)

文章题目 :Single-Cell Transcriptomic Landscape of Nucleated Cells in Umbilical Cord Blood

2019 年 7 月,由华大基因团队主导的对 2 个脐带血样本进行 10X Genomics 单细胞转录组研究的成果正式在线发表,此项研究采用 DNBSEQ 平台测序,发现脐带血细胞具有特有细胞类型,相对外周血细胞具有明显异质性。

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图 8 在脐带血和外周血中 NKT 细胞和 NK 细胞显示功能异质性

以上 8 篇大刊成果借助 高通量单细胞分选和建库,以及高通量测序技术 ,对疾病机制特别是肿瘤异质性进行了深入探索,再次佐证了一次性获得更多高质量单细胞信息的重要性。

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