李磊课题组与合作者构建植物 miRNA 数据库

来源: 生命科学联合中心 / 作者: 李磊 / 时间: 2019-11-07
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2019 年 10 月 11 日,北京大学蛋白质与植物基因研究国家重点实验室李磊课题组与北京市农林科学院杨效曾课题组合作在《核酸研究》(Nucleic Acids Research)发表题为“PmiREN: a comprehensive encyclopedia of plant miRNAs”的研究论文。《科技日报》随后以“我国科学家构建综合植物 miRNA 数据库”为题,报导了这一成果。PmiREN 是一个涵盖 88 个植物物种、包含多种 miRNA 相关数据的数据库,将有助于推动植物 miRNA 功能与演化的研究,并促进 miRNA 基因资源的深入挖掘。

miRNA 是真核生物中一类重要的具有转录后调控功能的内源小 RNA,在植物的生长发育中扮演重要角色,影响器官发育、形态建成、开花、抗逆等重要生物学过程。得益于二代测序技术的发展,关于植物 miRNA 鉴定和功能的研究数据与日俱增,但除了少数模式植物之外,miRNA 的相关数据多有疏漏。作者搜集了 88 个代表性植物的基因组序列及对应的 1537 个小 RNA 测序数据,利用作者最新发表的植物 miRNA 注释软件 miRDP2,以统一流程和标准对这些物种进行了 miRNA 的鉴定注释工作,获得 5757 个家族共 20388 个高质量 miRNA 位点。此外,作者对各个 miRNA 对应的基因簇、共线性、表达模式、靶基因、参考文献等信息也进行了统一挖掘整理,一并呈现在数据库中。

北京大学生命科学学院李磊研究员和北京市农林科学院杨效曾研究员为该论文共同通讯作者,北京大学生命科学学院博士研究生郭仲龙、北京大学前沿交叉学科研究院博士研究生匡正、北京大学李磊课题组博士后王颖、北京市农林科学院赵永欣博士为共同第一作者。该研究工作得到了国家自然科学基金、蛋白质和植物基因工程国家重点实验室、北京大学博雅博士后基金及北京市农林科学院的经费支持。

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