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科学家公布新的基因-药物互作数据库

来源:51atgc / 作者:koo / 2013-10-14

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日前,来自圣路易斯华盛顿大学医学院的研究人员研究开发出了一个大型的在线数据库,它能将上千个癌症或疾病相关基因与靶向这些基因的药物进行匹配。这些药物中的一些已经被美国食品与药品管理局批准使用,另一些正处于临床试验阶段或只在新药研发阶段。

该数据库由一对孪生兄弟Obi Griffith 博士和Malachi Griffith 博士开发,他们的兴趣是将药物与基因匹配起来。他们的母亲在 17 年前死于乳腺癌,那时他们还差几个星期就要高中毕业。

Malachi Griffith 说:“我们想要创造一个综合的、便于研究人员使用的数据库,如像谷歌搜索引擎一样来搜索疾病基因。随着我们逐步迈向个性化医疗,更多的了解哪种药物能够靶向患者个体或特定疾病(例如乳腺癌或肺癌)的突变基因变的越来越重要。但是到目前为止还没有一种简单的方法可以帮助研究者们找到这些信息。”

药物基因关联数据库的细节被发表在10月13日的《自然-方法》(Nature Methods)上。该数据库主要包括了癌基因,但是也有一些其他疾病(例如阿尔茨海默病、心脏病、糖尿病等)的相关基因。 Griffith 兄弟与圣路易斯华盛顿大学基因组研究所的一组科学家们共同开发了这一数据库。

如果研究人员希望了解已有的基因组测序或其它方法确定的疾病基因的错误突变是否能够用现有的药物治疗,那么将很容易在该数据库中进行搜索。另外,该数据库中还包括一些基因,它们可能成为未来药物发展的重点靶向对象。

文章的资深作者、基因组研究所的主任Richard K. Wilson博士说:“该资源有着惊人的深度,它对于研究人员制定更好的患者治疗方案将是十分珍贵的。”

Wilson 和他的同事们警告说,数据库是用于研究目的的,而不能指导治疗。数据库的主要目的是方便未来的临床研究,为更有效地治疗疾病提供帮助。

Malachi Griffith 说:“该数据库使我们离目标更近了。这真是一个丰富的资源。能将它提供给科学界,我们十分兴奋。”

他们花费了几年时间用于该数据库的开发,它是公开的和免费的,包括了超过 14000 种药物-基因的相互作用,涉及了 2600 个基因和 6300 种靶向这些基因的药物。数据库还包括了6700个其它的基因,这些基因有可能成为未来药物的靶标。

在这之前,研究人员想要知道一个疾病基因是否能用某种药物治疗需要搜素零散的科研文献、临床试验数据或其它信息,这其中有些是不公开的或者不容易被搜素到。另外,许多现有的数据库在确定基因和药物方面有不同的方法,语言的障碍也会让一个明确的搜素任务变得很费力。

Griffith 兄弟是生物信息学方面的专家。他们以前常常被追问,现有的药物能否靶向癌症基因组测序找到的基因,因此他们希望开发一个药物-基因互作的数据库。

Obi Griffith 说:“我们不应该依靠一个计算机向导来解决这一问题。但是实际上,我们经常不得不通过编写特殊的软件来找到答案。现在,研究人员能够快速和容易的寻找它们。”

这一新数据库整合了美国、加拿大、欧洲和亚洲的 15 个公用数据库的信息。使用者们输入一个基因的名字或许多基因的列表就能检索得到靶向它们的药物。检索结果提供了针对每一个基因的药物的名字和药物的细节,例如药物是一个抑制剂、抗体、疫苗还是其他类型。如果选择的话,搜索结果还能给出更多更深入的信息来源。

原文检索:

Malachi Griffith , Obi L Griffith , Adam C Coffman, James V Weible, Josh F McMichael, Nicholas C Spies, James Koval, Indraniel Das, Matthew B Callaway, James M Eldred, Christopher A Miller, Janakiraman Subramanian, Ramaswamy Govindan, Runjun D Kumar, Ron Bose, Li Ding, Jason R Walker, David E Larson, David J Dooling, Scott M Smith, Timothy J Ley, Elaine R Mardis& Richard K Wilson. DGIdb: mining the druggable genome. Nature Methods, 13 October 2013; doi:10.1038/nmeth.2689

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